＞CPS管理コンソールの設定箇所だけ削除される
その通りです。ライセンス管理コンソールを開けなくなる場合もありますが、ライセンスのコンフィグファイルを修正することで開くことができるようになります。

一番わかりにくいのは、「適用しない」だと思います。
http://support.citrix.com/article/CTX105312&searchID=42287746
参考です。「設定しない」は、いわずもがな、です。

まんまさん回答ありがとうございます。
参考文書を見ましたが、余計にわからなくなりました。
勉強します。

「設定しない」は、低優先度の設定などをひきつぎます。
「適用する」は、設定を適用します。
「適用しない」は、低優先度の設定などを無視して、もともとの設定にします。
いろいろと試せば、確認できます。
わかりますか？

ん？
http://support.citrix.com/article/CTX108037&searchID=42290555
でなくて、もう少し別の話かな？
もうちょっと詳しく教えていただけないでしょうか。

まず
"C:\Program Files\Microsoft Office\Office\MSACCESS.EXE"
だけを指定した場合、どうなのでしょうか。

"C:\Program Files\Microsoft Office\Office\MSACCESS.EXE" "C:\Exe\TEST.mdb"としても駄目ですか？

2台のSVでLBしているとのことですが、今回起動するのは1台のみなのでしょうか。
公開APを起動した際にファイルがない方のSVに接続していませんか？
両方のSVから起動するのであれば共有する必要がありますね。

まずさん
　"C:\Program Files\Microsoft Office\Office\MSACCESS.EXE"
にて起動は可能でした。
ただ、"Officeアシスタントキャラクタのファイルがシステムに存在しません。･･･"とのメッセージが出力されます。サーバー上で起動した場合はこのようなＭＳＧは出力されません。

黄金劇場さん
　実行しても同様の現象でした･･･。

postさん
　今回起動するのは２台ですので、
　「公開アプリケーション」の「サーバー」の設定は、「アプリケーションの実行サーバー」に
　２台共追加しています。そして、２台のサーバーの同一パスに公開する同一のアプリケーションファイルを
　配置しています。それぞれのサーバーにて単体起動できることは確認済みです。

メタ利用アカウントをサーバー上のAdministratosグループにいれて、もう一度、公開アプリを起動したらどうでしょうか。（もちろん、起動に成功したら、後でAdministratotsグループからはずす）

自己解決
.NETでがんばって対処しました。

Nicはチーミング構成でしょうか。でなければ、biosレベルで片方を殺してしまうとか、どうでしょうか。

Java周りいかがでしょう？
citrixさんのページで似たエラーメッセージを見つけましたので、ご一読されてみては。。
http://support.citrix.com/article/CTX108526

JREインストールディレクトリ内をご確認していただけないでしょうか。
binディレクトリ内にjavaw.exeは存在していますか？
(なければJRE再インストール等でjavaw.exeを入れなおしてください)
的外れでしたら、すみません。

citrixさんのエラーメッセージも確認しましたが、（CTX108526）どうも、ダメみたいです。
Javaも、何度かやりなおしてみましたが、やっぱりダメでした。

先日、私も同様のエラーメッセージが表示されてクライアントPC（WinXP）に
インストールしていた管理コンソール4.0が起動出来なくなった事がありました。

原因はやはりJAVA周りでした。

いろんなバージョンが混在していたので、整理しようと思って、最新版（JRE6）
を除いて全てアンインストールした所起動できなくなりました(^ ^；)。
そこで、JRE6をアンインストールして、JRE1.4.2_06だけをインストールしたら
起動するようになりました。

もう解決しているかもしれませんが参考までに。

いつもこちらの掲示板にはお世話になっております。

サーバOS:Windows2000 Server SP4 + Citrix Presentation Server 3.0
クライアントOS:WindowsXP SP2, SP1, Windows2000, Windows98, 98SE
プリンタ:FujiXerox ApeosPort-Ⅱ C4300, DocuCentre 280FS, DocuCentre 250FS, DocuPrint C2424, DocuPrint C2221, DocuPrint 205, その他メーカープリンタあり

全MetaFrameサーバと全クライアントに上記のPrint Utilityをインストールしていますが、
Print Utilityが原因の大きなトラブルはありません。
ただしクライアントモジュールの自動バージョンアップ機能がうまく動作させることができず、
バージョンアップせずとも特に問題がないため、この機能を利用していませんが、
私のスキルが足りないことに原因があるのでは思っています。
Utilityのバージョンは、クライアントに2.XX～3.3.0、サーバには3.2.0を利用しています。

またクライアントはPresentation Server Client 9.0.0?～10.0で、
通常はProgram Neiborhood エージェントで公開アプリケーションを利用してもらっています。
10.0を新規インストールしたWindowsXP SP2にPrint Utilityをインストールしたときに、
「インストールできませんでした」というメッセージが出て、インストールできませんでしたが、
Client 10.0をアンインストール後、9.230をインストールし、
10.0へアップデートした場合は、Print Utilityをインストールできました。
原因は不明で、今度問い合わせをしようと思っていたところでした。
Windows VISTAは未検証です。

他社製プリンタも利用していますが、特に干渉することはありません。

Utilityの問題ではないと思いますが、公開アプリケーションから印刷を指示したとき、
まれに印刷されない場合があります。
その状態のまま、再度印刷を指示すると問題なく印刷できます。
# MetaFrameサーバ上のプリンタ・ACCPプリンタ問わず
発生がまれなことと、社内ではそこまで致命的な問題ではないことなどで、
積極的な解決策には乗り出していません。

ちょっとお恥ずかしい事例ですが、ご参考になれば幸いです。

お返事が大変遅くなってしまい、申し訳ございません。
貴重なご意見として参考にさせていただきます。
どうもありがとうございました。