はじめまして。いつも質問ばかりしてるので回答させていただきます。

私のところもそれで悩みましたが、以外な回避策を見つけています。
ICA接続するユーザでの環境変数を調べてみると、
COMPUTERNAMEのところがサーバ名になっています。
通常ここは自分のPC名になるはずですが、ICA接続するときは
CLIENTNAMEに自分のPC名が入ります。

この変数COMPUTERNAMEで判断してICA接続のユーザでは
スキップさせています。
スキップさせると、ユーザには一瞬だけDOS画面らしきものが表示されます。

ログオンスクリプトを完全に表示させないのであれば
グループポリシーで可能です。
ユーザの構成＞管理用テンプレート＞システム＞スクリプトの下に
『実行中のレガシログオンスクリプトを表示しない』　を有効に
『実行中のログオンスクリプトを表示する』を無効に
すると完全に表示されません。

ただこれやると、スクリプトが走ったかどうか心配にはなりますけどね。

Win2003のGPOであれば、
WMIフィルターで除外可能です。