それはProgram NeighborfoodがWindows7非対応前提で回避策が無いかという話でしょうか？

WebIFでも、同様に時間がかかってますか？
ターミナルサービスとは、差がありますか？
W2k8だと、TsAPPがあるかとおもうのですが、差はありますか？
ADでLOGONプロシジャははずしてみてもおなじですか？
フォルダリダイレクトや移動プロファイルの設定に問題はありませんか？

Win7であれば、最新のコネクションSWだとPN同等の動きだったとおもいます。
最新にして、比べてみてください。

サーバ側では、現時点のWindowsやXenAPP側を含めたPATCHはあたっていますか？
接続時の1分の間に、ADやXenAPPサーバのCPUやDISK　I/Oのモニタリングで
特異点は、ありませんか？

ファイルサーバに接続しているような場合に、LANをギガビットにできますか？

1分という値は、メモリDISKベースのシンクラ程度で、DISKベースの1台の
XP　パソコンの起動よりも早いとおもいますが、ドメインに参加している
XPパソコンのLOGONと比較して、遅いのでしょうか？　早くないですか？

XenDeskTOPで試してみることは可能ですか？

XenAPPやAD、ファイルサーバ等仮想環境にサーバを構築しているのであれば
物理環境へV2Pして、速度比較はできませんか？

以上、無責任ですが　思いつくままに。

経験的には移動プロファイル利用時で30秒程度、
ローカルプロファイル利用時には10秒程度で接続完了するのが目安かなと思います。

公開アプリケーションの画面が表示されるまでに、
ステータスバーなどで色入りな情報が表示されます。
どこのステップで時間がかかっているのか確認しては如何でしょうか。

ご回答ありがとうございます。
NeighborfoodがWin7非対応になっていたのを失念しておりました。
WebIFで運用していこうと考えております。
いただいたアドバイスのすべては、まだ確認できていないのですが
現状を記載させていただきます。

WebIF>>状況変わらず、『接続が確立しました。機能をネゴシエートしています。』と1分間表示後に
公開アプリケーションが起動します。
Win2008のﾘﾓｰﾄAPP>>クライアントを起動して1度目のアプリケーション起動は30秒ほどかかるのですが、1度アプリを閉じても、2度目以降は、1秒かかるかどうかくらいで起動しました。

WindowsのPATCHはあてたのですが、XenAppについてはPATCH確認中です。
修正が必要なようでしたら、あてていきます。

接続時の1分の間、高負荷になっているということもなさそうでした。
また、XPのPCにつきましても同様の症状が確認されました。
物理環境にて使用しても同様の症状でした。

『接続が確立しました。機能をネゴシエートしています。』の画面で1分間
青いバーが動く画面が表示された後、ようこそと表示され、そこからの起動の
動きはすぐなので、ネゴシエートが1分でタイムアウトしてから、公開アプリの
起動に進んでるような気がしています。

レジストリの値なども調べておりますので、結論が出ましたらまた記載させていただきます。
よろしくお願い致します。

どれが、該当かはこちらではわかりかねますが。

W2k8やWin7でオフラインフォルダの関連でLOGONに時間がかかる件
http://support.microsoft.com/kb/959488
http://support.microsoft.com/kb/2525332

DNSでドメインコントローラやファイルサーバの解決にて時間を食っている場合。
（本件は、KB見当たらず。hosts等で回避可能かも？）

Windows XP Professional 高速ログオンの最適化機能の説明
http://support.microsoft.com/kb/305293

イベント ログ サービスが Windows Server 2008 ベースまたは Windows Vista ベースのコンピューターでデッドロックのための応答を停止します。
http://support.microsoft.com/kb/952664

おまけ、英文を参照の程。
http://social.technet.microsoft.com/Forums/en-US/winservergen/thread/105c70f4-7fcf-4430-b28e-54113bab1763

あと、ウイルス対策SWがサーバ側、クライアント側で悪さしていることもあるらしいですが。

まあ、いずれにせよMSの問題なのかとおもいます。正規ルートにてMSへのお問い合わせが
よいかとおおもいます。　TSappでも生じているならMSだけの環境でエスカレーション可能かと。

たくさんの回答ありがとございます。

最初に書くべきだったかもしれませんが、現在はテスト環境のため
ウイルス対策ソフト等は未導入で、クローズな環境で構築しています。
本稼動で予定しているデフォルトゲートウェイの値を記述しているのですが
実際はルータは置いてなかったりします。(DNSサーバはクローズ環境内に立てています)

クローズな環境で使用している機器
HUB1台、AD兼DNSｻｰﾊﾞ1台、XenAppｻｰﾊﾞ1台、ｸﾗｲｱﾝﾄPC1台

まだXenAppのテストをしている状況なので、移動プロファイル等の特筆するような
環境の構築は行っていない状況です。
ADへのログオンは特に遅いという感じでは、ありません。
またTSAppの場合はすぐに起動するのに対して、Xenappだと1分間『接続が確立しました。
機能をネゴシエートしています。』という青いバーが表示される画面が表示後に起動を
開始するという状況です。
しかし、皆さんのレスからルータ等がある本環境だと状況が変わるかも
しれないとも考えております。

来週には本環境で稼動させる予定なので、進捗ありましたら、またご報告させていただきます。

ちなみにレジストリ値は60で検索したのですが、怪しいものはヒットしませんでした(汗
いろいろ情報いただき、ありがとうございます。

ネゴシエートしています辺りで時間がかかっているのであれば、
RDライセンス辺りではないでしょうか。

ちなみに、2回目の接続で1秒というのは再接続しているから早いのだと思います。

RDライセンスにつきましては
現状のテスト環境がインターネットに接続できない環境のため
お試し期間扱いとなっております。
そこも原因のひとつかもしれませんね。

本環境時に、そこも登録を済ませ修正したいと思います。

アドバイスありがとうございます。

本番環境で最終設定したのですが、
状況変わらずでした。

1分間待ちながら、ゆっくり対応策を
考えていきたいと思います。

長くなりそうなので〆させていただきますね。
アドバイスありがとうございました。

スレ〆後ですが思い出したので・・・。
私もテスト環境（クローズ）中に同様の問題にぶつかった経験があります。

リンクローカルアドレス(169.254.xxx.xxx)を使用していたりしませんか？

念のため。

tkusaさん回答ありがとうございます。
テスト環境で稼働中に、IPアドレスを本番環境用とテスト環境用でちょこちょこ切り替えていたので
もしかしたら、あるタイミングでIPをとりそこねて169.254.xxx.xxxになってしまった
可能性はありそうです。

最終的な確認は行えていないのですが、別件でhttp://support.citrix.com/article/CTX125417
にある、修正プログラムをインストールしたところ、拠点担当者より1分かからなくなったという
連絡がありました。
解決しましたので、ご報告させていただきます。
ご回答いただいた皆様、ありがとうございました。