下記参照してみて下さい。
http://support.citrix.com/article/CTX104401&searchID=10305564

私も同じような現象にあっています。
また、最新の回答にライセンスをサーバにコピーできないという似たような質問もありましたので
新たに書き込むのを迷いましたが書き込ませてもらいました。
同じくWindows Server 2003、Citrix Prsentation Server 4.0の環境で
もともと、評価版のEnterpriseで環境をつくり、
(以前のライセンス取得等は別の方がされており、以前どのようにされていたのかは解りません)
今回、製品版のライセンスの取得時にMyCitrixでライセンスファイルをライセンスサーバーにコピーのリンクをクリックしたところ、
全く反応がなかったためライセンス管理コンソールを開こうとしたらページが見つかりませんでした。
とりあえず、DLしたファイルを Program Files\Citrix\Licensing\MyFiles にコピーしておきましたが、
これで本当に問題ないのか、他にライセンス管理コンソールで設定を行わなくてよいのか
(knowlede centerの 評価版ライセンスから製品版ライセンスへの移行 ではコピーして再起動するとだけ書かれていますが)
不安が残ります。
何かクライアントが接続するために設定を行わなくてはならなかったりしないでしょうか？
何かご存知の方いらっしゃいましたらお願いいたします。

Windowsのターミナルサービスのライセンスの確認をしてみてください

自己レスです。
原因が判りましたので、お知らせします。

Windows2000ServicePack4用の更新プログラムロールアップ１(KB891861)
を適用した時の中に含まれるMS04-011を適用されたことが起因でした。
参考までに
http://support.microsoft.com/default.aspx?scid=kb;ja;323597


－　以上　-

>CSG経由で問題なく動作可能ですが、icaファイル(launch.ica)の中身を見ると、
MetaサーバIP : 1494 と記述があります。
→上記で問題ないと思います。
　SGはあくまでもゲートウェイなので、クライアントから見れば、
　MetaFrameサーバの所在が分からなければ、アクセスできません。
　launch.icaに記載されている「MetaサーバIP : 1494」というのは、
　クライアントへの指示ではなく、SGに対しての指示です。
　SGとMetaFrame間は当然1494/icaで通信しますから、この情報が必要です。
　そしてMetaFrameから1494で流れてきたパケットは、SGによってSSLでカプセル化され、
　443でクライアント側に提供されます。

＞きくりんさん
丁寧なご解説有難うござます。
launch.icaファイルはSGに対してのファイルなんですね。
大変納得させて頂きました。

尚、CSG経由ではなく、WI ⇔ Meta 構成のlaunch.icaファイルに書いてある
[MetaサーバIP:1494]は、当然の事ながらクライアントに対しての指示という事になりますね。

とてもスッキリ致しました。有難うございます。
またの機会ございましたら、ご教授お願い致します。

まだ見てらっしゃるか分かりませんが。。。

これって本当に、SG経由で通信してますか？
SGを使用した構成であれば、STAでチケッティングされて、MetaFrameサーバ
アドレスは隠蔽されるはずです。
launch.icaファイルのAddressの欄は、一見すると何だか分からない文字列
になるはずですが。
一度、WIの設定を確認されることをお勧めいたします。
ちゃんとSGを使う設定（DMZの設定）を行っていますか？
可能であれば、パケットキャプチャも行って、TLSもしくはSSLv3通信を行って
いることを確認した方が良いと思います。

＞ひさ様

詳細なご指摘有難うございます。
現状、当方検証環境ですので、すべて同一Subnet環境になっております。
DMZ環境を作りだして、再度確認させて頂きます。

尚、図々しいお願いで大変恐縮ですが、
launch.icaファイルの中身を掲載することは可能でしょうか？
参考程度に拝見できる程度で結構ですので、可能であれば、掲載して頂けると
非常に助かります。

以上、宜しくお願い致します。

DMZ設定となっていますが、同一サブネットでもテストとしては問題ないと思いますよ。
ちゃんとSG経由で通信していることを確認するためには、間にFWなどを入れてアクセス
制御をかけた方が分かりやすいとは思いますが。

SGを経由していないと、クライアント→(TCP/1494)→MetaFrameという接続になりま
すので、MetaFrameサーバにパーソナルFWを設定して、クライアントからの直接接続を
できないようにしてみるのも良いでしょう。
SGを経由していれば、クライアント→（TCP/443）→SG→(TCP/1494)→MetaFrameの
経路になります。

私の手元には、CPS4.0 の検証環境しかないので多少違うのですが、4.0では
１）WIのDMZ設定で、SecureGatewayを使う設定
２）WIのSecureGatewayの設定で、SGのFQDNとポート、STAのURL
の2つの設定を行う必要があります。

launch.icaファイルも一応載せておきます。
Notepadを公開アプリにしています。

---ここから

[Encoding]
InputEncoding=SJIS

[WFClient]
ClientName=WI_iDNWO9TBpujEbrfD9
ProxyFavorIEConnectionSetting=Yes
ProxyTimeout=30000
ProxyType=Auto
ProxyUseFQDN=Off
RemoveICAFile=yes
TransparentKeyPassthrough=Local
TransportReconnectEnabled=Off
Version=2
VirtualCOMPortEmulation=Off

[ApplicationServers]
Notepad=

[Notepad]
Address=;10;STA11874C4582AE;F882F33D960565BD2AD1E0EE0FA20B6A
AudioBandwidthLimit=2
AutologonAllowed=ON
BrowserProtocol=HTTPonTCP
ClearPassword=D7443BB9E2C27A
ClientAudio=On
DesiredColor=8
DesiredHRES=640
DesiredVRES=480
Domain=\19D99877D182D5A8
HTTPBrowserAddress=!
InitialProgram=#Notepad
Launcher=WI
LongCommandLine=
ProxyTimeout=30000
ProxyType=Auto
SSLCiphers=all
SSLEnable=On
SSLProxyHost=sg.mfdom.local:443
SecureChannelProtocol=Detect
SessionsharingKey=8-basic-basic-mfdom-user01-FARM1
TWIMode=On
TransportDriver=TCP/IP
Username=user01
WinStationDriver=ICA 3.0

[Compress]
DriverNameWin16=pdcompw.dll
DriverNameWin32=pdcompn.dll

[EncRC5-0]
DriverNameWin16=pdc0w.dll
DriverNameWin32=pdc0n.dll

[EncRC5-128]
DriverNameWin16=pdc128w.dll
DriverNameWin32=pdc128n.dll

[EncRC5-40]
DriverNameWin16=pdc40w.dll
DriverNameWin32=pdc40n.dll

[EncRC5-56]
DriverNameWin16=pdc56w.dll
DriverNameWin32=pdc56n.dll

すいません、私のミスでした。
確かにMetaFrameのアドレスはセキュア化されて、平文では表記されません。
最近WI＋SGを使った案件がなかったので、ボケてました。
申し訳ありません。
恐らくWIの設定に問題があると思われますので、
WIadminの画面から「サーバーの設定」→「DMZ設定」の「ネットワークアドレス変換」および
「SecureGatewayの設定」を再確認してみてください。
また、ドキュメントセンターの「SecureGateway for MetaFrame インストール チェックリスト」も
確認してみてください。

ドメイン環境下であれば、ADのポリシーでサーバのドライブを非表示、
若しくはアクセス禁止にできます。

「直接クライアント自身のドライブに接続」というのは、
保存を選んだ時に保存のダイアログにデフォルトで表示されるドライブを
クライアントのドライブにしたいということでしょうか？
MS Officeでしたらカレントドライブの変更で可能ですが、
それ以外のアプリケーションについては申し訳ありませんがわかりません。

因みにOfficeの場合は、ORKの「カスタムインストールウィザード」を利用して
予めカレントドライブを変更してMetaFrameサーバへOfficeをインストールすれば、
全てのユーザのカレントドライブが変更され、
例えば「V:\Documents and Settings\%USERNAME%\My Documents」に設定した場合、
保存を選ぶと、クライアントのマイドキュメントが最初にダイアログに表示されます。

きくりんさんレスありがとうございます。
言いわすれてましたが、環境はワークグループで、アプリケーションはVBです。
MSOffice以外は分からないということなので、解決には至りませんでしたが
大変勉強になりました。
もう少し調べてみようと思います。ありがとうございました。

ワークグループでしたら、サーバのローカルポリシーでドライブを非表示にできます。
MetaFrameサーバ上で「ファイル名を指定して実行」から「gpedit.msc」で起動してください。
[ユーザの構成]→[管理用テンプレート]→[Windowsコンポーネント]→[エクスプローラ]を開くと
「指定したドライブを[マイコンピュータ]内で非表示にする」という項目がありますので、
それを開き、プルダウンメニューから非表示にしたいドライブの組み合わせを選んでください。

これで保存のダイアログにはサーバのドライブは表示されません。
保存先については、デフォルトでローカルドライブが表示されるかどうかはわかりませんので、
ユーザが自分で選択という形になると思います。

※ポリシーを有効にする前にAdministratorのデスクトップ上にドライブのショートカットを
作成しておいてください。ADで適用するポリシーと違い、Administrator上からもドライブが
非表示になってしまい、作業がなにかとやりづらくなります。

きくりんさん、ありがとうございます。
サーバのドライブを非表示にすることができました。
できれば使用できないようにしたいのですが無理みたいですね・・。
デフォルトでローカルドライブを表示させる方法はまだ分かっていないので
引き続き調べていきたいと思います。
ありがとうございました。

つまり、複数あるアプリケーションセットを、
各々特定ユーザに公開するということでしょうか？

ということであれば、
それぞれのファームが別のドメインであれば、
ドメインユーザに対して公開すれば、
別のドメインユーザはアクセスできませんし、
同一ドメイン上であれば、AD上でそれぞれ公開したいユーザ毎に
グループを作成し、公開アプリケーションはそのグループに対して
公開してあげればよろしいかと。
もしくは制限したいユーザが少ないのであれば、
コネクション構成ツールから、ica-tcpのアクセス権で
特定ユーザを追加し、アクセスを「拒否」にすれば利用できません。

返答ありがとうございます。

早速対応してみたところ、ICAコネクションでのWindowsのログオンはできなくなりましたが、
アプリケーションセットで公開しているアプリケーションまで使用できなくなってしまいました。

ICAコネクションを使用してWindowsにログオンさせなくして
なおかつ、アプリケーションセットに登録しているアプリケーションを使用する方法は
ありますでしょうか？

以上、ご返答のほど宜しくお願いいたします。

METAフレームサーバーのライセンス登録を行わないと
どうやら、Admin権限がないユーザーは接続できないようです。
結果、ユーザーによるデスクトップ権限の割り振りができなかったようです。
ライセンス登録を行い、公開アプリケーションだけを使用するユーザーにログオン権限
を与えないことで対応することができました。

ウィンドウというのは、どのウィンドウを指しているのでしょう？
また、ダイヤルアップでというのは、インターネット接続という意味ですか？
それともVPN接続のことでしょうか？

インターネット接続であれば、WI＋SSLリレーですか？それともWI＋SGですか？
VPNであれば、VPNルータでポート1494は通っていますか？
ターミナルサービス(RemoteDesktop)では3389を利用しますが、
ICAプロトコルは1494を利用します。
また、インターネット接続であれば、ICAをSSL(443)でカプセル化します。
それから、WIやSGは普通DMZに置いていると思いますが、
MetaFrameサーバやライセンスサーバ、DBサーバの名前解決ができていることが前提です。

設定が合っていて通らない様子であれば、DMZ上でスニッフィングしてみるのも手だと思います。

きくりん様、お返事ありがとうございます。

今度は、MetaFrameサーバー上からMetaFrame(自分自身)に接続しようとすると、
MetaFrameのウィンドウは表示されるのですが、やはりログオン画面が出てきません。
青い画面のままです。
ローカルエリア内のノートPCでは、通常通り接続はできるのですが・・・

お手数ですがご返答の方よろしくお願いします。

自分自身でということはPMを利用してですよね？
一度アプリケーションセットを再作成してみてはいかがでしょうか？

若しくはこちらに該当しませんでしょうか？
http://support.citrix.com/kb/entry.jspa?externalID=CTX107060&categoryID=118

遅くなりましたが、上記のhotfixを摘要したら解決することができました。
きくりん様、ありがとうございました。